H πρώτη γενική συνέλευση μετά τη Σύμβαση της Χαλέπας, συμφωνία, με την οποία ο Σουλτάνος παραχώρησε μία σειρά προνομίων στους χριστιανούς υπηκόους του στην Κρήτη, σε συνέχεια του Οργανικού Νόμου του 1868, τα οποία ουσιαστικά ισοδυναμούσαν με την παροχή καθεστώτος ημιαυτονομίας στη Μεγαλόνησο. Υπογράφτηκε στις 3 Οκτωβρίου 1878 στο προάστιο των Χανίων, Χαλέπα.
Τον Ιανουάριο του 1878 το πολυπληθές χριστιανικό στοιχείο της Κρήτης ξεσηκώθηκε για μία ακόμη φορά κατά του οθωμανού δυνάστη, θέλοντας να εκμεταλλευθεί τη δυσμενή για τους Τούρκους εξέλιξη του Ρωσοτουρκικού Πολέμου και να επιτύχει την πολυπόθητη Ένωση με τη μητέρα Πατρίδα. Συγκρότησε την «Παγκρήτιο Επαναστατική Επιτροπή» στο Φρε Αποκορώνου, έχοντας εξασφαλίσει την υποστήριξη της Αθήνας και του πρωθυπουργεύοντος Χαρίλαου Τρικούπη, 27 Δεκεμβρίου 1877.
Από την πλευρά του, ο Σουλτάνος Αμπντούλ Χαμίντ Β’ με την προτροπή της Αγγλίας αναζήτησε πολιτική λύση στο αναφυέν πρόβλημα. Απέρριπτε, όμως, τα αιτήματα των χριστιανών, που ζητούσαν αυτονομία της Κρήτης και χριστιανό διοικητή ως ηγεμόνα. Η κίνησή του αυτή εξόργισε τους επαναστάτες, οι οποίοι μέχρι τα τέλη Μαρτίου είχαν θέσει υπό τον έλεγχό τους την κρητική ύπαιθρο, περιορίζοντας τους μουσουλμάνους στα φρούρια των μεγάλων πόλεων.
Η ραγδαία αυτή εξέλιξη δημιούργησε προς στιγμήν ελπίδες ότι η Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα ήταν πολύ κοντά. Διαψεύστηκαν, όμως, όταν το Συνέδριο του Βερολίνου, 13 Ιουνίου – 13 Ιουλίου 1878, που συγκάλεσαν οι Μεγάλες Δυνάμεις, απέρριψε το σχετικό αίτημά τους, υποδεικνύοντας στην Τουρκία να προχωρήσει σε νέες παραχωρήσεις προς τους Χριστιανούς της Κρήτης.
Πράγματι, στις 3 Οκτωβρίου 1878 υπογράφηκε η Σύμβαση ή Χάρτης της Χαλέπας, που χορηγούσε καθεστώς ημιαυτονομίας στη Μεγαλόνησο. Οι κυριότερες διατάξεις προέβλεπαν τα εξής:
- Ο Γενικός Διοικητής της Κρήτης θα μπορούσε να είναι και χριστιανός. Η θητεία του ήταν πενταετής, με δυνατότητα ανανέωσης.
- Ο Γενικός Διοικητής θα είχε ένα σύμβουλο από το άλλο θρήσκευμα (μουσουλμάνο αν ήταν χριστιανός και χριστιανό αν ήταν μουσουλμάνος).
- Γενική Συνέλευση (Βουλή), στην οποία θα πλειοψηφούσαν για πρώτη φορά οι χριστιανοί, θα είχε 80 μέλη (49 χριστιανούς και 31 μουσουλμάνους).
- Ίδρυση αστυνομικού σώματος με την επωνυμία Κρητική Χωροφυλακή, που θα στελεχωνόταν αποκλειστικά από ντόπιους.
- Αναγνώριση της ελληνικής ως επίσημης γλώσσα των δικαστηρίων και της Γενικής Συνέλευσης. Μόνο τα επίσημα πρακτικά, οι αποφάσεις των δικαστηρίων και η επίσημη αλληλογραφία θα συντάσσονταν και στις δύο γλώσσες.
- Χορήγηση γενικής αμνηστίας σε όσους είχαν λάβει μέρος στην εξέγερση του 1878 και άδεια οπλοφορίας στους Κρητικούς, με την οποία θα μπορούσαν να κρατήσουν τα όπλα τους.
- Θεσμοθέτηση σημαντικών φορολογικών ελαφρύνσεων.
- Παραχώρηση για πρώτη φορά του δικαιώματος για την ίδρυση φιλολογικών συλλόγων και την έκδοση εφημερίδων.
Τη συμφωνία υπέγραψαν από Οθωμανικής πλευράς ο βαλής της Κρήτης, γενικός διοικητής, Κωστάκης Αδοσίδης Πασάς, ο στρατηγός Μουχτάρ Πασάς και ο Σελίμ Εφέντι, ενώ από χριστιανικής πλευράς οι εκπρόσωποι της «Παγκρητίου Επαναστατικής Επιτροπής», Γεώργιος Παπαδοπετράκης, Κωσταρός Βολουδάκης, Ιωάννης Σφακιανάκης, Χαρίλαος Ασκούτσης, Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, Αντώνιος Μιχελιδάκης, Ζ. Θειακάκης, Κυριάκος Χατζηδάκης, Στυλιανός Σταυρούδης, Αντώνιος Σήφακας και Α. Μενεγίδης.
Η Σύμβαση επικυρώθηκε τις αμέσως επόμενες μέρες με φιρμάνι του Σουλτάνου, ο οποίος τον Νοέμβριο του 1878 διόρισε βαλή της Κρήτης τον ελληνικής καταγωγής χριστιανό αξιωματούχο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, Ισκεντέρ Πασά, Αλέξανδρο Καραθεοδωρή.
Η Σύμβαση της Χαλέπας εφαρμόστηκε μέχρι την επόμενη εξέγερση των Κρητικών το 1889. Τα 11 χρόνια της εφαρμογής της αθετήθηκε πολλάκις από την Οθωμανική διοίκηση, όπως και ο Οργανικός Νόμος του 1868, και υπονομεύτηκε από την οξεία πολιτική και κομματική διαμάχη μεταξύ «Καραβανάδων», συντηρητικών, και «Ξυπόλυτων», φιλελεύθερων.